Die Ports für MGEN sind ziemlich alt und nicht für 64-bit Systeme geeignet.

Aus den Nightly Snapshots lässt sich aber die aktuelle Version 5 mit einigen Anpassungen auch mittels clang übersetzen.

1. Download MGEN: http://downloads.pf.itd.nrl.navy.mil/mgen/nightly_snapshots/mgen-svnsnap.tgz
2. Download Protolib: http://downloads.pf.itd.nrl.navy.mil/protolib/nightly_snapshots/protolib-svnsnap.tgz
3. Quellen entpacken:

   tar xvzf mgen-svnsnap.tgz
   tar xvzf protolib-svnsnap.tgz

4. Protolib in das Quellverzeichnis von MGEN verschieben:

   mv protolib mgen/

5. Im Makefile von MGEN mgen/makefiles/Makefile.freebsd Zeile 43 muss der Compiler geändert werden: statt g++ sollte dort c++ stehen.
6. Anschließend können die Quellen übersetzt werden:

   cd ~/mgen/makefiles
   make -f Makefile.freebsd

https://code.google.com/p/coreemu/wiki/MGEN